Struktur pembelajaran di SMP PGRI 3 Denpasar mencakup kegiatan intrakurikuler, kokurikuler, dan ekstrakurikuler yang saling terintegrasi. Kegiatan intrakurikuler meliputi mata pelajaran wajib nasional seperti Pendidikan Agama dan Budi Pekerti, Pendidikan Pancasila, Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, IPS, Bahasa Inggris, PJOK, Informatika, Seni Budaya dan Mata Pelajaran pilihan Coding dan Kecerdasaan Artifisial, serta muatan lokal Bahasa Bali sebagai upaya pelestarian budaya daerah. Pembelajaran dilaksanakan dengan alokasi waktu 40 menit per jam pelajaran, disusun secara fleksibel dan adaptif untuk menciptakan suasana belajar yang aktif, inovatif, dan berpusat pada peserta didik.
Sebagai bentuk penguatan karakter dan kompetensi siswa, SMP PGRI 3 Denpasar menyelenggarakan kegiatan kokurikuler melalui 8 Dimensi Profil Lulusan. Projek ini dirancang berbasis tema-tema strategis seperti kewirausahaan, lingkungan hidup, kebinekaan global, riset sederhana, serta kearifan lokal Bali. Melalui pembelajaran berbasis proyek, peserta didik tidak hanya belajar dari buku, tetapi juga dari pengalaman nyata, sehingga mampu mengembangkan kemampuan berpikir kritis, pemecahan masalah, kerja tim, kepemimpinan, dan kepedulian sosial.
